Το περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ ιδρύθηκε το 1988 από τους Νίκο Τσούχλο και Γιάννη Βήχο. Το πρώτο τεύχος εκδόθηκε σε λιγοστά αντίτυπα, με τη μορφή ολιγοσέλιδου ενημερωτικού δελτίου, τον Δεκέμβριο του 1987. Ο πρώτος τόμος της περιοδικής έκδοσης κυκλοφόρησε τον Φεβρουάριο του 1989. Είναι το μοναδικό εξειδικευμένο περιοδικό για την υποβρύχια και ναυτική αρχαιολογία που εκδίδεται στην Ελλάδα και ένα από τα ελάχιστα στον κόσμο.
Από το 2002 το περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ κυκλοφορεί στη νέα του μορφή. Τα άρθρα συντάσσονται κυρίως στα ελληνικά και στα αγγλικά και συνοδεύονται από επαρκή περίληψη στην άλλη γλώσσα. Στην ύλη του περιοδικού περιλαμβάνονται θέματα που αφορούν στις δραστηριότητες του Ινστιτούτου, σε συναφείς δραστηριότητες στην Ελλάδα, καθώς και άρθρα Ελλήνων και ξένων επιστημόνων.
