Από το 1989, το Ι.ΕΝ.Α.Ε. έχει εκδώσει, εκτός από το επιστημονικό περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ, καταλόγους εκθέσεων και πρακτικά συνεδρίων που έχει διοργανώσει, καθώς και άλλες ειδικές εκδόσεις που αφορούν σε θέματα υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας.
Οι εκδόσεις του Ινστιτούτου Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών
Ενάλια, Supplement 1
Ενάλια, Supplement 2
Πρακτικά Συνεδρίου
The Point Iria Wreck: Interconnections in the Mediterranean ca. 1200 BC.
Κατάλογος Έκθεσης
Από την ενάλια Κύπρο στον μυχό του πολυδίψιου Άργους. Το ναυάγιο Ακρ. Ιρίων.
