Η έρευνα ξεκίνησε το 2006 από το νησιωτικό σύμπλεγμα των Στύρων και την κατέναντι ευβοϊκή ακτή έως και τα Πορτολάφια και επεκτάθηκε κατά τα έτη 2007 και 2008 στην χερσόνησο της Κυνόσουρας του Μαραθώνα και στο στενό της Καβαλλιανής. Ακολουθώντας μία μακρά παράδοση του ΙΕΝΑΕ που θέλει τις ερευνητικές ομάδες να δημιουργούν επιχειρησιακές βάσεις μέσα στο ίδιο το πεδίο των ερευνών, η ερευνητική ομάδα εγκαταστάθηκε σε υπαίθριο καταυλισμό στην περιοχή της Λεύκας Στύρων.

Το νησιωτικό σύμπλεγμα των Στύρων αποδείχθηκε ένα ιδιαίτερα πλούσιο πεδίο σε ναυάγια και απορρίψεις κεραμικής. Στη νησίδα Αγ. Ανδρέας τεκμηριώθηκε ναυάγιο με φορτίο αμφορέων Late Roman 2, χρονολογούμενο στον 6ο αιώνα μ.Χ (ναυάγιο 1), νοτιότερα, στη νησίδα Πετούσι, ναυάγιο με αμφορείς Tripolitanian I του 2ου αι. μ.Χ. από τις ρωμαϊκές επαρχίες της Β. Αφρικής (ναυάγιο 2) ενώ τρία ακόμα ναυάγια εντοπίστηκαν στις ανατολικές και δυτικές ακτές της νήσου Στύρα (μεγάλο Στυρονήσι): ένα εκτενώς διεσπαρμένο ναυάγιο με φορτίο Κώων και Κνιδιακών αμφορέων του ύστερου 2ου – πρώιμου 1ου αι. π.Χ. εντοπίστηκε στις δυτικές ακτές (ναυάγιο 7) και ένα μικρό ναυάγιο της ύστερης κλασσικής περιόδου με φορτίο κεράμων καταγράφηκε στις ανατολικές ακτές των Στύρων (ναυάγιο 3). Το σημαντικότερο ιστορικά ναυάγιο, βρέθηκε ανοιχτά του ακρωτηρίου Ρέθι της νήσου Στύρα σε βάθος 40-47 μέτρων (ναυάγιο 6). Έφερε φορτίο από αμφορείς που αποδίδονται στα εργαστήρια της Σικυώνας, επιτραπέζια κεραμική αλλά και τμήματα χάλκινων γλυπτών και πολυτελών επίπλων. Επιπλέον διαπιστώθηκε η παρουσία τμημάτων του σκαριού κοντά στην απόθεση του φορτίου. Το ναυάγιο αυτό μπορεί ενδεχομένως ιστορικά να συσχετιστεί με τις δηώσεις πόλεων του Αιγαίου και τις μεταφορές έργων τέχνης που έλαβαν χώρα κατά τον ύστερο 2ο και 1ο αιώνα π.Χ.

Δύο ναυάγια εντοπίστηκαν σε παρακείμενες θέσεις στα Πορτολάφια Ευβοίας, το πρώτο χρονολογούμενο στον 1ο-2ο αι. μ.Χ. με φορτίο αμφορέων τύπου Dyczek 25a, πιθανότατα από εργαστήρια του ΒΑ Αιγαίου (ναυάγιο 4) και το δεύτερο με φορτίο βυζαντινών αμφορέων Günsenin 3, του 12ου ή 13ου αι. μ.Χ.

Η διερεύνηση της θαλάσσιας περιοχής της Κυνόσουρας Μαραθώνα απέδωσε δύο ακόμα ναυάγια, και έναν μεγάλο αριθμό αγκυρών αρκετές από τις οποίες ανελκύστηκαν. Το πρωιμότερο έφερε φορτίο από Χιακούς αμφορείς του τρίτου μισού του 5ου αι. π.Χ. (Ναυάγιο 8), το νεώτερο φορτίο Κορινθιακών αμφορέων τύπου Α΄, χρονολογούμενων στο πρώτο μισό του 3ου αι. π.Χ. (ναυάγιο 9).

Τα πρώτα τρία έτη της έρευνας (2006-2008) περατώθηκαν με τον εντοπισμό και την τεκμηρίωση δύο ακόμα ιδιαίτερα σημαντικών ναυαγίων στη νήσο Καβαλλιανή και τη νησίδα Δημάκος, πλησίον της Εύβοιας. Το ναυάγιο 10 στη νησίδα Δημάκος, έφερε ένα μεικτό φορτίο από αμφορείς διαφόρων τύπων (Tripolitanian I, Ostia XXIII, Ostia LIX, Pupput T700.4.) που προέρχονται από εργαστηριακές εγκαταστάσεις της Africa Proconsularis και αποτελούν ένα μοναδικό έως σήμερα σύνολο στο χώρο του Αιγαίου. Το δεύτερο (ναυάγιο 11) εντοπίστηκε στο μεσοπέλαγο ύφαλος του Μαύρου Κάβου, ανατολικά της Καβαλλιανής και έφερε ένα φορτίο επιτραπέζιας εφυαλωμένη κεραμική του ύστερου 12ου αιώνα μ.Χ. από την περιοχή της Χαλκίδας.

Μετά από μία παύση της έρευνας κατά το έτος 2009, η ερευνητική ομάδα επανήλθε στο Νότιο Ευβοϊκό με μία μεγάλη ερευνητική περίοδο 40 περίπου ημερών, εστιάζοντας το ενδιαφέρον της στο νησιωτικό σύμπλεγμα των Πεταλιών.

Εντοπίστηκαν συνολικά τέσσερα ναυάγια σε κακή ωστόσο κατάσταση διατήρησης, τα τρία στη νησίδα Μακρονήσι και το ένα στη νησίδα Φούντι. Σημαντικότερο εξ αυτών ήταν το Ναυάγιο 12 στο Μακρονήσι Πεταλιών, με φορτίο αμφορέων Africaine IIΑ και ΙΙD και προέλευση τη Βόρεια Αφρική (Τυνησία). Το ναυάγιο αυτό, χρονολογούμενο στα μέσα του 3ου αι. μ.Χ. έρχεται να συμπληρώσει την παρουσία φορτίων βορειοαφρικανικών αμφορέων στο Νότιο Ευβοϊκό σε συνέχεια των ναυαγίων 2 και 10.

Στο δεύτερο ήμισυ της έρευνας του έτους 2010, η ερευνητική ομάδα επανήλθε στο ναυάγιο 6 στο ακρωτήριο Ρέθι των Φούρνων, διενεργώντας δύο δοκιμαστικές τομές στην περιφέρεια της κύριας απόθεσης του φορτίου αμφορέων. Από τις τομές αυτές εξήχθησαν τμήματα αμφορέων, επιτραπέζια κεραμική, χάλκινα αγγεία, τμήματα κεράμων από τη στεγασμένη υπερκατασκευή της πρύμνης, ένα λίθινο σκεύος για την σύνθλιψη και κονιορτοποίηση καρπών και δημητριακών, τμήματα γλυπτών, δύο χάλκινα πόδια κλίνης με περίτεχνη διακόσμηση και πάνω από 100 καρφιά από τον ναυπηγικό ιστό του σκαριού.

Θεωρώντας ότι τα νησιωτικά συμπλέγματα της Εύβοιας (Στυρονήσια – Πεταλιοί) είχαν δώσει επαρκή δείγματα γραφής, κατά τα επόμενα τρία έτη (2011-2013) η έρευνα μετατοπίστηκε στις ακτές της Λαυρεωτικής και τη νήσο Μακρόνησο. Για τις ανάγκες των ετών αυτών οργανώθηκε μία νέα επιχειρησιακή βάση στην παραλία Βαθύ Αυλάκι της Μακρονήσου, σε ένα νησί που στερούνταν κάθε είδους υποδομής. Στο θαλάσσιο χώρο της Μακρονήσου, η ερευνητική ομάδα βρέθηκε ενώπιον των πρώτων μεγάλων ναυαγίων που εντοπίστηκαν στο Νότιο Ευβοϊκό, κάποια από τα οποία σώζονταν σε αξιομνημόνευτα καλή κατάσταση.

Το σημαντικότερο όλων θα πρέπει να θεωρηθεί το Ναυάγιο 16 στον μεσοπέλαγο ύφαλο της Τρυπητής, ένα ναυάγιο που διέσωζε σε μεγάλο βαθμό τη συνοχή του και έφερε ένα μεικτό Φορτίο από αμφορείς Africaine I, II, III, Skerki Bank 3, Middle Roman 1, Palatino-East 5, Pseudo-Dressel 2/4, Keay XXXI. Πρόκειται για το τέταρτο φορτίο βορειοαφρικανικών (και σικελικών) αμφορέων που εντοπίστηκε στο Νότιο Ευβοϊκό, και η σημασία του δεν εξαντλείται μόνο στο ετερογένεια του φορτίου αμφορέων, αλλά ταυτόχρονα και στο μέγεθος του και στην ακεραιότητά του. Αποτελεί μία μοναδική ιστορική μαρτυρία για την μαζική εισαγωγή ελαίου και σαλτσών από ψάρια στο χώρο του Αιγαίου κατά το πρώτο ήμισυ του 4ου αιώνα μ.Χ. Η κύρια απόθεση του εντοπίστηκε σε βάθη από 40 έως 45 μέτρα, ενώ στο επιφανειακό στρώμα εντοπίστηκαν περισσότεροι από 300 ακέραιοι αμφορείς. Στον ίδιο ύφαλο, και σε κοντινή απόσταση από αυτό, εντοπίστηκε το Ναυάγιο 17, με φορτίο αμφορέων τύπου Κnossos A53, χρονολογούμενο τον 1ο – 2ο αι. μ.Χ.

Τρία ακόμα ναυάγια εντοπίστηκαν και τεκμηριώθηκαν στις ανατολικές ακτές της Μακρονήσου: το ναυάγιο 18, στο ακρωτήριο Κέντρον, σε βάθος 37-46 μ. με φορτίο ελληνιστικών αμφορέων του β΄ μισού του 3ου αι. π.Χ. πιθανόν από την Κρήτη, το ναυάγιο 24 στην είσοδο του όρμου Βαθύ Αυλάκι, σε βάθος: 37-39 μ., με μεικτό φορτίο από αμφορείς των τύπων Lamboglia II, Dressel 1A, Dressel 1C και ροδιακούς αμφορείς, χρονολογούμενο στον ύστερο 2ο αι. μ.Χ. και το ναυάγιο 26, στον όρμο του Γερολιμνιώνα με φορτίο αμφορέων Tripolitanian I, του ύστερου 2ου αιώνα μ.Χ. Εκτός του τελευταίου, τα υπόλοιπα δύο ναυάγια σώζονται σε εξαιρετικά καλή κατάσταση και είναι επιδεκτικά ανασκαφικής διερεύνησης στο μέλλον, με μεγάλες πιθανότητες επιβίωσης και του υποκείμενου του φορτίου σκαριού του πλοίου.

Σε αντίθεση με τα ναυάγια της Μακρονήσου, απογοητευτική υπήρξε η κατάσταση των πέντε ναυαγίων που τεκμηριώθηκαν στην ακτογραμμή της Λαυρεωτικής. Στον όρμο της Γαϊδουρόμανδρας Λαυρίου η προσοχή εστιάστηκε σε ένα από τα πρώτα ναυάγια που ερευνήθηκαν από την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων στα τέλη της δεκαετίας του 1970, που παραμένει έκτοτε ανεπαρκώς τεκμηριωμένο (ναυάγιο 21). Η δειγματοληπτική ανέλκυση τμημάτων από αμφορείς και μελαμβαφών αγγείων οδήγησαν στην χρονολόγησή του μεταξύ των ετών 450-420 π.Χ. Στο Βγιέθι της Κερατέας επιβεβαιώθηκε εκ νέου η παρουσία ενός βάναυσα συλημένου ναυαγίου σε βάθος 33-38 μ., με φορτίο αμφορέων του ύστερου 4ου αι. π.Χ. Ελάχιστοι πλέον αμφορείς σώζονται ακέραιοι κατά χώρα. Δύο ακόμα ναυάγια εντοπίστηκαν στον Αγ. Νικόλαο / Τουρκολίμανο, βόρεια του Θορικού, το πρώτο χρονολογούμενο στον 2ο αι. μ.Χ. με φορτίο πλίνθων (ναυάγιο 20) και το δεύτερο, με φορτίο αμφορέων των ύστερων κλασσικών χρόνων, σε εξαιρετικά αποσπασματική κατάσταση (ναυάγιο 19). Κάποιες δειγματοληπτικές ανελκύσεις εκτεθειμένου υλικού έγιναν και στο φορτίο εφυαλωμένης επιτραπέζιας κεραμικής στο ακρωτήριο Βρυσάκι του Θορικού, ναυάγιο που εντάσσεται χρονολογικά στους ύστερους χρόνους της δυναστείας των Κομνηνών (ναυάγιο 23).

Η έρευνα του Νότιου Ευβοϊκού διακόπηκε για δύο έτη (2014-2015), προκειμένου να προχωρήσει η συντήρηση, μελέτη και δημοσίευση του υλικού και επανήλθε με μία τελευταία ερευνητική περίοδο στην περιοχή του όρμου Καστρί της Καρυστίας, που ταυτίζεται με το αρχαίο λιμάνι της Γεραιστού. Στην τελευταία αυτή ερευνητική περίοδο αντιμετωπίστηκαν πρωτοφανείς αντίξοες συνθήκες διαμονής και διαβίωσης, κυρίως λόγω των εξαιρετικά δυσμενών καιρικών συνθηκών, που αποτελούν ωστόσο ένα ίδιο της περιοχής αυτής. Εντός του όρμου Καστρί εντοπίστηκαν δύο ακόμα ναυάγια σε κακή κατάσταση, κείμενα στην ίδια θέση, σε βάθος από 6-14 μέτρα. Το πρώτο (ναυάγιο 27) έφερε φορτίο αμφορέων τύπου Late Roman 1 και 2 του 5ου ή 6ου αιώνα μ.Χ. και το δεύτερο φορτίο από αμφορείς Graeco-italic και Corinthian A, του 3ου αι. π.Χ. (ναυάγιο 28).