Το εκθεσιακό πρόγραμμα του Ι.ΕΝ.Α.Ε. αποσκοπεί στην προβολή, στο ευρύ κοινό, του πολυετούς ερευνητικού του έργου και της εξέλιξης της ενάλιας αρχαιολογίας στην Ελλάδα.

Δίδεται η δυνατότητα στον επισκέπτη να κατανοήσει τη μεθοδολογία της υποβρύχιας ανασκαφής και να ενημερώνεται για τα αποτελέσματα των υποβρυχίων ερευνών που συνεχίζουν, συστηματικά μέχρι και σήμερα, να φέρουν στο φως πολύτιμες μαρτυρίες για τη ναυτική ιστορία σαράντα δύο αιώνων από τις ελληνικές θάλασσες.

Με τον τρόπο αυτό το Ι.ΕΝ.Α.Ε. θέλει να συμβάλλει και στην ευαισθητοποίηση του κοινού στα θέματα ανάδειξης και προστασίας της ενάλιας πολιτιστικής κληρονομιάς.