Ανακάλυψη του αρχαιότερου γνωστού ναυαγίου στον κόσμο της 3ης χιλιετίας π.Χ. στη νήσο Δοκό, το καλοκαίρι, και διεξαγωγή προκαταρκτικής έρευνας σε συνεργασία με την Αρχαιολογική Υπηρεσία, τον Νοέμβριο του ίδιου έτους. Αναγνωριστική έρευνα επαναλήφθηκε τον Αύγουστο του 1977.

Πολυάριθμη ομάδα του Ινστιτούτου συμμετείχε στις έρευνες του Πλωτάρχη Κουστώ στην Ελλάδα, αποκτώντας έτσι πολύτιμη εμπειρία. Διερευνήθηκαν, σε συνεργασία με την Αρχαιολογική Υπηρεσία, οι παρακάτω χώροι: Αρτεμίσιο (διερεύνηση περιοχής ναυαγίου), Μαραθώνας, Σαντορίνη, Ελίκη, Χαλκιδική, Πύλος (διερεύνηση περιοχής ναυμαχίας), Σποράδες, Μήλος, Ηράκλειο (στο ναυάγιο του πλοίου “La Thérèse”), νήσοι Δία και Ψείρα (Κρήτη), Κάβος Σίδερο, Όρμος Αγίας Πελαγίας (Κρήτη), Κύθηρα (στο ναυάγιο του πλοίου “Μέντωρ”, Αντικύθηρα (διερεύνηση περιοχής ναυαγίου), Κόλπος Αγίου Νικολάου Κέας (στο ναυάγιο του πλοίου “Britannic”).

Στο Λιμένι της Μάνης πραγματοποιήθηκε η αναγνωριστική έρευνα ναυαγίου της πρώιμης Ρωμαϊκής εποχής.

Εκτεταμένη αναγνωριστική έρευνα ναυαγίων της Υστερορωμαϊκής και Πρωτοβυζαντινής εποχής στο νησί του Πατρόκλου, στο Γαϊδουρονήσι και στα Λεγραινά.

Αναγνωριστική έρευνα, τον Ιούλιο, στο ναυάγιο “Μέντωρ”, το μοιραίο πλοίο του Έλγιν, που μετέφερε γλυπτά του Παρθενώνα κι άλλων ελληνικών μνημείων. Την έρευνα και πλήρη ανασκαφή είχε προγραμματίσει το Ινστιτούτο από το 1974.

Τα μέλη του Ι.ΕΝ.Α.Ε. Νίκος Λιανός και Φαίδων Αντωνόπουλος, σε συνεργασία με τους αμερικανούς επιστήμονες Van T. Andel και Jon B. Jolly, πραγματοποίησαν γεωφυσική έρευνα με ηχοβολιστικά μέσα, στην περιοχή που εκτείνεται από την Ύδρα μέχρι και την Κοιλάδα Αργολίδας.

Κατά τη διάρκεια των ετών 1977-1981 υπήρξε συνεργασία μεταξύ του Ι.ΕΝ.Α.Ε. και της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων στις υποβρύχιες έρευνες στην Πάρο, στην Κοιλάδα, στην Πλύτρα και στο Διρό.

Μετά από μια περίοδο στασιμότητας, η προσπάθεια που έγινε περί τα μέσα της δεκαετίας του ’80 για ένα νέο ξεκίνημα, κατέληξε στην οργάνωση και εκτέλεση τριών μεγάλων αρχαιολογικών ερευνών: του αρχαιότερου μέχρι σήμερα γνωστού ναυαγίου του 2.200 π.Χ. στο Δοκό (1989-92), του Κυπρομυκηναϊκού ναυαγίου του 1.200 π.Χ. στο Ακρωτήριο των Ιρίων Αργολίδος (1991-94) και του ναυαγίου του 4ου αιώνα π.Χ. στην Αντιδραγονέρα Κυθήρων (1993-98, 2000).

Η νέα χιλιετία σηματοδότησε την έναρξη τεσσάρων συστηματικών υποβρυχίων ερευνών στον Αργολικό Κόλπο, στον Νότιο Παγασητικό Κόλπο, στον Νότιο Ευβοϊκό Κόλπο (2006-2016) και στην Σαλαμίνα.