Το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών (Ι.ΕΝ.Α.Ε.) ιδρύθηκε το 1973 και είναι αναγνωρισμένος μη κερδοσκοπικός, επιστημονικός οργανισμός.

Σκοπός του Ι.ΕΝ.Α.Ε. είναι η οργάνωση και προώθηση της ενάλιας αρχαιολογικής έρευνας στην Ελλάδα, ώστε να συμπαρασταθεί και να συνδράμει στο δύσκολο έργο που επιτελεί η Ελληνική Αρχαιολογική Υπηρεσία. Από το 1973 ως το 1976, οπότε ιδρύθηκε η Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων, το Ι.ΕΝ.Α.Ε., ήταν επίσημος σύμβουλος του Υπουργείου Πολιτισμού στα θέματα υποβρύχιας αρχαιολογίας.

Εκτός των 400 περίπου τακτικών μελών του Ινστιτούτου στην Ελλάδα, συμμετέχουν ως αντεπιστέλλοντα μέλη, κορυφαίοι ξένοι επιστήμονες και ερευνητές στο χώρο της υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας. Το Ι.ΕΝ.Α.Ε., υπήρξε κατά τα τελευταία χρόνια, λόγω της έλλειψης πανεπιστημιακής εξειδίκευσης στην Ελλάδα, το μοναδικό στη χώρα μας “φυτώριο” νέων επιστημόνων του εξειδικευμένου αυτού πεδίου έρευνας. Μέσα από τις έρευνές του, αλλά και χάρη στα εκπαιδευτικά προγράμματα και τα συνέδρια που έχει οργανώσει, έχουν εκπαιδευτεί πάνω από εκατόν πενήντα (150) νέοι αρχαιολόγοι, επιστήμονες άλλων ειδικοτήτων και τεχνικοί σε θέματα Υποβρύχιας και Ναυτικής Αρχαιολογίας.

Το Ινστιτούτο, στα 48 χρόνια δράσης του, έχει ενεργοποιήσει σημαντικότατους φορείς χορηγίας, από τον δημόσιο και ιδιωτικό τομέα, στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Έχει διαχειριστεί επιχορηγήσεις από ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα, κρατικούς φορείς, ιδιωτικά κοινωφελή ιδρύματα, εταιρείες και ιδιώτες. Αυτό επιτυγχάνεται επειδή έχει την δυνατότητα να επιδείξει σημαντικό επιστημονικό έργο, οργανωτική επάρκεια, υψηλή συμμετοχή εθελοντών, αλλά και την ευαισθησία να αποδίδει στο ευρύ κοινό τα αποτελέσματα των προσπαθειών του.

Από το 1973 μέχρι το 1983, μέλη του Ινστιτούτου έφεραν σε πέρας σειρά υποβρυχίων, αναγνωριστικών και συστηματικών αρχαιολογικών ερευνών, στην αρχαία Φειά της Ηλείας, στο Λιμένι της Μάνης, στη νήσο Πάτροκλο και στο ναυάγιο “Μέντωρ”, το μοιραίο πλοίο του Έλγιν, που μετέφερε γλυπτά του Παρθενώνα κι άλλων ελληνικών μνημείων.

Μεταξύ 1976 και 1977 μέλη του Ινστιτούτου συμμετείχαν στις έρευνες του πλοιάρχου Κουστώ, στα Αντικύθηρα, στο Αρτεμίσιο, στη Σαντορίνη και στις νήσους Ψείρα και Δία της Κρήτης, αποκτώντας έτσι πολύτιμη εμπειρία.

Μετά από μια περίοδο στασιμότητας, η προσπάθεια που έγινε περί τα μέσα της δεκαετίας του ’80 για ένα νέο ξεκίνημα, κατέληξε στην οργάνωση και εκτέλεση τριών μεγάλων αρχαιολογικών ερευνών: του αρχαιότερου μέχρι σήμερα γνωστού ναυαγίου (2.200 π.Χ.) στο Δοκό (1989-92), του Κυπρομυκηναϊκού ναυαγίου του 1.200 π.Χ. στο Ακρωτήριο των Ιρίων Αργολίδος (1991-94) και του ναυαγίου του 4ου αιώνα π.Χ. στην Αντιδραγονέρα Κυθήρων (1993-98).

Η νέα χιλιετία σηματοδότησε την έναρξη τεσσάρων συστηματικών ερευνών στον Αργοσαρωνικό, στις Δυτικές ακτές του Νοτίου Παγασητικού Κόλπου και στον Νότιο Ευβοϊκό Κόλπο, συμπεριλαμβανομένων της νησίδας Μακρονήσου και των ακτών της Λαυρεωτικής.

Κατά την συνεργατική έρευνα του Ι.ΕΝ.Α.Ε. με την Εφορεία Εναλίων Αρχαιοτήτων (Ε.Ε.Α.) στο Νότιο Ευβοϊκό (2006-2016), μέσα σε οκτώ ερευνητικές περιόδους, εντοπίστηκαν και τεκμηριώθηκαν 28 αρχαία και μεσαιωνικά ναυάγια. Από τα ναυάγια αυτά, τα 6 ήταν ήδη γνωστά ως θέσεις στην Ε.Ε.Α., παρέμεναν ωστόσο – εξαιρουμένου ενός ναυαγίου στη νησίδα Ακιό (αρ. 25) – ανεπαρκώς τεκμηριωμένα, ενώ τα υπόλοιπα 22 ήταν παντελώς άγνωστα.