Το Ινστιτούτο Εναλίων Αρχαιολογικών Ερευνών, στα 49 χρόνια της δράσης του έχει ενεργοποιήσει σημαντικότατους φορείς χορηγίας. Αυτό επιτυγχάνεται επειδή έχει τη δυνατότητα να επιδείξει αξιόλογο επιστημονικό έργο, οργανωτικές ικανότητες, υψηλή συμμετοχή εθελοντών, αλλά και την ευαισθησία να επικοινωνεί στο ευρύ κοινό τα αποτελέσματα των προσπαθειών του.
Η δράση του Ι.ΕΝ.Α.Ε. βασίζεται κυρίως σε εθελοντική εργασία, ενώ ο προϋπολογισμός του στηρίζεται αποκλειστικά σε χορηγίες και δωρεές, σε έκτακτες κρατικές ενισχύσεις και ευρωπαϊκές επιχορηγήσεις, οι οποίες προέρχονται κυρίως από:
- Φυσικά πρόσωπα με υψηλό βαθμό ευαισθησίας και κοινωνικής ευθύνης.
- Νομικά πρόσωπα ιδιωτικού δικαίου, δηλαδή οργανισμούς, ιδρύματα και εταιρείες όλων των κλάδων και μεγεθών.
- Κρατικούς Φορείς και Οργανισμούς του ευρύτερου δημοσίου τομέα, όπως το Υπουργείο Πολιτισμού, την Τοπική Αυτοδιοίκηση, το Πολεμικό Ναυτικό κ.λπ.
- Διαχειριστικές Αρχές της Ευρωπαϊκής Ένωσης, μέσω διακρατικών προγραμμάτων συνεργασίας.