Από το 1989, το Ι.ΕΝ.Α.Ε. έχει εκδώσει, εκτός από το επιστημονικό περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ, καταλόγους εκθέσεων και πρακτικά συνεδρίων που έχει διοργανώσει, καθώς και άλλες ειδικές εκδόσεις που αφορούν σε θέματα υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας.
Από το 1989, το Ι.ΕΝ.Α.Ε. έχει εκδώσει, εκτός από το επιστημονικό περιοδικό ΕΝΑΛΙΑ, καταλόγους εκθέσεων και πρακτικά συνεδρίων που έχει διοργανώσει, καθώς και άλλες ειδικές εκδόσεις που αφορούν σε θέματα υποβρύχιας και ναυτικής αρχαιολογίας.